Microbiote et sport : comment protéger son intestin ?

Microbiote et sport sont étroitement liés : l'entraînement intense, surtout en course à pied, fragilise la muqueuse intestinale, et un intestin abîmé pèse sur l'énergie, l'inflammation et même le moral. C'est « l'ennemi insoupçonné » des athlètes selon Christophe Carrio, préparateur physique, ancien champion du monde de karaté en kata et cofondateur de Nutripure. Le sujet est tabou, donc négligé, alors que des troubles digestifs chroniques ne sont jamais « normaux », même chez un sportif qui mange beaucoup.

Cet article reprend ce qu'il explique dans l'épisode d'Extraterrien consacré à la santé intestinale, enregistré dans la série nutrition réalisée avec Nutripure. Il le complète avec ce que dit la recherche.

Le microbiote, c'est quoi ?

Le microbiote intestinal regroupe les bactéries, champignons et virus qui peuplent notre intestin. Pour Christophe Carrio, c'est une empreinte digitale : les grandes familles sont communes à tous, mais leurs proportions sont propres à chacun.

Il termine la digestion

La mastication, la salive, l'estomac puis les enzymes de l'intestin transforment le repas en bouillie. Le microbiote prend le relais : il fragmente les aliments pour se nourrir lui-même, et libère au passage des micronutriments, des acides aminés et d'autres molécules que la muqueuse va absorber.

Une bonne santé intestinale tient en trois éléments

• Un microbiote diversifié, avec de nombreuses espèces utiles.
• Une muqueuse intestinale intacte, une barrière « à péage » qui ne laisse entrer que ce qui doit entrer.
• Le système immunitaire massé juste derrière. « 70 % de notre système immunitaire est massé derrière la muqueuse intestinale. » Le chiffre est repris de la littérature : le tissu lymphoïde associé à l'intestin représente près de 70 % du système immunitaire (Vighi et al., 2008).

Pourquoi les athlètes n'en parlent pas

Parce que le sujet ramène « au caca, aux gaz, à la diarrhée, à la constipation ». Chez le médecin, beaucoup répondent que tout va bien. Christophe Carrio voit pourtant des sportifs qui trouvent normal d'avoir des selles liquides tous les jours, ou des gaz toute la journée. Son repère : si vous n'allez pas à la selle chaque jour et que vos selles ne sont pas formées, quelque chose n'est pas optimal.

Comment le sport abîme l'intestin

Tout dépend de la fréquence, de l'intensité et du sport pratiqué. Il identifie trois mécanismes.

1. Le sang part vers les muscles

À l'effort, le sang est redirigé vers les muscles, au détriment de l'intestin. Il parle d'une circulation digestive qui tombe « jusqu'à 10 % ». Puis, à l'arrêt, le sang revient d'un coup. Ce phénomène d'ischémie-reperfusion perturbe la muqueuse. Il est bien documenté : après une heure de vélo à 70 % de la charge maximale, des hommes en bonne santé présentaient des marqueurs de lésion de l'intestin grêle et une hausse transitoire de la perméabilité intestinale, proportionnelles au manque d'irrigation (van Wijck et al., 2011). Une revue situe le seuil des perturbations digestives marquées autour de deux heures d'effort à 60 % de la VO2max, quel que soit le niveau d'entraînement, avec un effet aggravé par la chaleur (Costa et al., 2017).

2. Les secousses de la course à pied

Un cycliste est porté. Un coureur, traileur ou marathonien, encaisse une onde de choc à chaque foulée, alors que l'intestin contient encore le bol alimentaire. Ces micro-secousses irritent la muqueuse. Si l'irritation revient trop souvent, la réparation ne suit plus la destruction.

3. L'excès de glucides

Pâtes, riz, pain en grande quantité, associés à un entraînement intense, favorisent des fermentations excessives. D'où les gaz fréquents chez les sportifs. Sa conclusion : au même titre qu'on laisse récupérer ses muscles, il faut laisser du temps à sa muqueuse pour se réparer.

L'exemple de Léo Bergère et du gluten

Barth cite Léo Bergère, champion du monde de triathlon en 2022 : il allait aux toilettes jusqu'à quatre ou cinq fois par jour, jusqu'à ce qu'il arrête le gluten. Pour Christophe Carrio, il cochait les trois critères : beaucoup de course, un aliment irritant pour lui, un volume énorme. Il rappelle que la sensibilité au gluten varie selon le patrimoine génétique. La science invite à ne pas généraliser : chez des cyclistes d'endurance sans maladie cœliaque, une semaine sans gluten n'a changé ni la performance, ni les symptômes digestifs, ni les marqueurs de lésion intestinale (Lis et al., 2015). L'éviction se discute au cas par cas, idéalement avec un médecin.

La perméabilité intestinale chez le sportif

La muqueuse doit être perméable : sans cela, ni protéines, ni glucides, ni vitamines n'entreraient. On parle d'hyperperméabilité quand la barrière devient poreuse, « une muraille qui a des trous ». Des fragments de protéines mal digérées, comme le gluten, passent dans le sang et déclenchent une réponse immunitaire.

Ce qui ouvre des brèches

• des séances trop intenses ou trop rapprochées ;
• une hydratation insuffisante pendant l'effort ;
• la malbouffe et les aliments ultra-transformés ;
• le tabac, la cigarette électronique et l'alcool ;
• les pesticides, qu'il soupçonne d'agir sur nos bactéries comme sur celles des plantes. C'est une hypothèse qu'il défend ; les données chez l'humain restent limitées.

Les conséquences sur la performance et la santé

Selon Christophe Carrio, une inflammation intestinale chronique peut se traduire chez le sportif par des tendinites et des douleurs articulaires qui traînent. Elle remonte aussi au cerveau par le nerf vague : l'intestin compte plusieurs centaines de millions de neurones (il cite 600 millions), d'où l'expression de « deuxième cerveau ». Il associe cette inflammation à l'anxiété et à la déprime. Enfin, il décrit un dialogue entre le microbiote et les mitochondries, qui aiderait le muscle à passer des glucides aux graisses.

Son anecdote du marathon repose sur une étude réelle : chez des coureurs du marathon de Boston, une bactérie, Veillonella, devenait plus abondante après la course. Elle transforme le lactate en propionate, et une souche isolée chez ces coureurs a amélioré l'endurance de souris d'environ 13 % (Scheiman et al., 2019). Le bénéfice chez l'humain reste à démontrer.

Microbiote et sport : les bonnes pratiques

Ce qui se joue avant l'âge adulte

Le microbiote se construit dès la naissance : accouchement par voie basse ou césarienne, allaitement, enfance à la campagne ou en ville. Les nouveau-nés nés par voie basse portent des bactéries proches du microbiote vaginal de leur mère, ceux nés par césarienne des bactéries proches de celles de la peau (Dominguez-Bello et al., 2010). On n'y peut plus rien adulte, mais l'alimentation, elle, reste un levier.

Dans l'assiette

• Limiter les ultra-transformés, qui favorisent certaines familles de bactéries au détriment des autres. « Le microbiote, c'est comme une forêt. »
• Beaucoup de fruits, de légumes et de fibres. En les fermentant, le microbiote produit des acides gras à chaîne courte (acétate, butyrate, propionate) qui agissent dans tout l'organisme.
• Des aromates et des épices : basilic, romarin, gingembre, curcuma, riches en polyphénols.
• Assez de protéines, dont la glutamine nourrit les cellules de la muqueuse. Il cite la glutamine en poudre comme une stratégie possible.
• Des oméga-3, de préférence via les petits poissons, moins chargés en polluants que les gros.

Pour les troubles digestifs pendant l'effort lui-même, voir nos articles sur la nutrition en ultra-trail et le gel énergétique.

Probiotiques : quand les envisager ?

D'abord l'alimentation, insiste-t-il. Les probiotiques ont du sens dans deux cas :

• après un traitement antibiotique, qui détruit aussi les bonnes bactéries ;
• en cas de troubles réguliers (diarrhée, selles molles, constipation, excès de gaz), idéalement avec un médecin ou un diététicien.

Il précise que les probiotiques ne s'installent pas durablement : ils orientent le développement des autres bactéries, « comme un tuteur qu'on donne à une plante ». La recherche va dans ce sens : chez l'humain, la colonisation de la muqueuse par des probiotiques varie beaucoup d'une personne à l'autre, et beaucoup y résistent (Zmora et al., 2018). La même équipe a observé qu'après des antibiotiques, des probiotiques retardaient le retour du microbiote d'origine, ce qui nuance le premier usage (Suez et al., 2018). La Société internationale de nutrition sportive rappelle que les effets sont propres à chaque souche et que les études chez les sportifs restent peu nombreuses (Jäger et al., 2019). Christophe Carrio le reconnaît : ce ne sont pas des compléments anodins.

Les études citées

• Costa RJS, Snipe RMJ, Kitic CM, Gibson PR. Systematic review: exercise-induced gastrointestinal syndrome, implications for health and intestinal disease. Alimentary Pharmacology & Therapeutics, 2017.
• Dominguez-Bello MG, Costello EK, Contreras M et al. Delivery mode shapes the acquisition and structure of the initial microbiota across multiple body habitats in newborns. PNAS, 2010.
• Jäger R, Mohr AE, Carpenter KC et al. International Society of Sports Nutrition position stand: probiotics. Journal of the International Society of Sports Nutrition, 2019.
• Lis D, Stellingwerff T, Kitic CM, Ahuja KDK, Fell J. No effects of a short-term gluten-free diet on performance in nonceliac athletes. Medicine & Science in Sports & Exercise, 2015.
• Scheiman J, Luber JM, Chavkin TA et al. Meta-omics analysis of elite athletes identifies a performance-enhancing microbe that functions via lactate metabolism. Nature Medicine, 2019.
• Suez J, Zmora N, Zilberman-Schapira G et al. Post-antibiotic gut mucosal microbiome reconstitution is impaired by probiotics and improved by autologous FMT. Cell, 2018.
• van Wijck K, Lenaerts K, van Loon LJC et al. Exercise-induced splanchnic hypoperfusion results in gut dysfunction in healthy men. PLoS One, 2011.
• Vighi G, Marcucci F, Sensi L et al. Allergy and the gastrointestinal system. Clinical and Experimental Immunology, 2008.
• Zmora N, Zilberman-Schapira G, Suez J et al. Personalized gut mucosal colonization resistance to empiric probiotics is associated with unique host and microbiome features. Cell, 2018.

Cet article ne remplace pas l'avis d'un professionnel de santé. En cas de troubles digestifs persistants, de sang dans les selles ou de perte de poids, consultez un médecin ou un gastro-entérologue.

Pour aller plus loin, écoutez l'épisode complet avec Christophe Carrio.